咖啡的作用可以分为短期作用（喝下去的即刻反应）和长期作用（即长期经常喝咖啡）来讨论。喝咖啡的短期作用（喝下去的即刻反应）是比较明确的，几乎不用仰仗什么研究，靠自己的感受就能找到答案：
1.咖啡具有提神作用，这是毋庸置疑的。但其提神作用的强弱却又因人而异，有些人对咖啡因比较敏感，提神效果特别明显，甚至会造成失眠或入睡困难。有些人，特别是经常喝咖啡的人，则不会那么敏感，有时甚至感受不到明显的提神作用。我自己就属于后一种情况，就算晚上临睡前喝咖啡也不会影响正常睡眠。喝过咖啡之后，我也感受不到很明显的提神作用，但是咖啡的确对我有作用——让我觉得精力更充沛、大脑更精神一些。但这种作用到底是咖啡因的作用，还是心理（依赖）作用呢？真的难以鉴别，索性就不要鉴别了吧，反正喝一杯白水或其他饮料是不会有同样作用的（至少是对我而言）。》》》喝咖啡有哪些利弊
有人担心“咖啡在兴奋大脑的同时，也会在一定程度上损害注意力集中，于是反而影响思维能力”。我自己并没有这样的感受，也有一些研究显示咖啡并不影响思维能力。那么，咖啡到底影响不影响思维呢？不要听专家说，自己试试就知道了。有些“专家”把本来就没有定论或者因人而异的东西，非说成“真理”，这很不好。
2.与之相类的情况是，性活动前喝咖啡是否有助于性能力的问题，也向来说法不一。支持者如美国《侨报》报道，密歇根大学一项针对744对夫妇所作的研究，其结论显示，喝咖啡不但能增加性欲还可降低患阳痿的几率（人民网2006年01月09日报道）。反对者如《生命时报》2008年09-09刊载，黑龙江中医药大学附属第二医院某副主任医师的文章“咖啡喝多了影响性欲和勃起状态”。 那到底喝咖啡对性能力是有利还是有害呢？答案其实很简单，甚至根本用不着发问，你自己试一下就知道了。
3.咖啡具有明确的提高运动能力的作用，咖啡因具有强力作用，可以提高耐力能力和运动成绩。这正是因为如此，咖啡因是国际奥委会（IOC）明确禁止使用的兴奋剂。国际奥委会（IOC）规定，当尿中咖啡因浓度大于12微克/毫升时，即被认定为非法（即“药检阳性”）。在运动前喝咖啡，有助于提高运动能力。
喝咖啡的长期作用（即长期经常喝咖啡）则比较复杂，需要通过科学研究才能确认。可惜的是，虽然针对咖啡的研究非常多，但往往难以得出一致的结论。对很多问题，我们还只能做出大致判断。
1.咖啡干扰矿物质的吸收。咖啡因在肠道内会干扰钙、铁、锌等矿物质的吸收，所以儿童等不要喝咖啡。成年人喝咖啡的时候，也尽量不要与食物混杂。
2.咖啡因具有减肥作用，但喝咖啡，尤其是速溶咖啡未必能减肥。咖啡因具有兴奋作用，可增加基础代谢，减少睡眠时间，总体上增加热能消耗，有助于减肥。不过，喝速溶咖啡或喝咖啡时如果加入很多糖、奶或咖啡伴侣等含热能比较多的东西，减肥效果就大打折扣了。
3.母亲喝咖啡会对胎儿和接受哺乳的婴儿造成不利影响。美国食品及药物管理局（FDA）曾发表声明，建议已经怀孕或可能怀孕的妇女减少咖啡因的摄取。美国小儿科医学会的药物委员会建议，母亲每天摄取的咖啡因不要超过300毫克。
4.咖啡对胃溃疡患者不利。由于咖啡会促进胃液分泌，促进胃酸增加，故有胃溃疡的患者在喝咖啡时，要多加注意，切勿过量，更不要空腹喝咖啡。
5.咖啡会造成钙质流失。虽然目前并没有直接证据，显示咖啡因会导致骨质疏松症，但是有一些研究指出，咖啡因使尿中排出的钙增多，从而增加患骨质疏松的危险。所以，经常喝咖啡的女性，应注意补钙。此外，也有报告说，尿中排出的钙增多，会增加患肾结石的风险（《健康报》2004年10月28日）。
6.咖啡具有抗癌作用。关于咖啡与癌症的报告非常多，大部分报告支持咖啡有预防癌症的作用。例如，瑞典卡罗琳斯卡医学院的拉松与沃尔克博士联合在美国《胃肠病学》杂志上发表报告指出，喝咖啡跟患肝癌的风险呈反比，咖啡含大量抗氧化剂如绿原酸，能对抗氧化应激，防止致癌物的形成。此外，在动物身上进行的试验也明确显示咖啡与绿原酸有抑制肝癌的作用（2007年09月24日中国经济网）。当然，也有一些报告显示，喝咖啡会增加患胰腺癌和卵巢囊肿的风险（2005年05月20日《健康报》）。
7.咖啡对心脏病的影响尚不明确。有研究说，一个人每天喝5杯或更多咖啡，其患心脏病的几率比不喝者高两倍。也有研究说，那些每周喝5杯以上咖啡的妇女较之不喝咖啡或是每周喝4杯以下咖啡的妇女患心脏病的几率低32%。还有研究说，咖啡和心脏病之间并无关联。不知道这些研究有没有考虑到速溶咖啡或咖啡伴侣中反式脂肪酸的摄入量。过多反式脂肪酸对心脏的害处是公认的。
8.喝咖啡有助于预防痛风。据新华网2007-05-28报道，美国和加拿大研究人员通过大规模调查发现，喝咖啡有助于降低人体血液中的尿酸水平，达到预防痛风的效果（不过，这种效果似乎与咖啡因无关）。
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