随人们对性功能障碍研究的深入，发现一些治疗不顺利的病人潜意识在存在着对性欲的压抑，这种压抑往往与早年经历有关，它可跨越漫长的时间距离而影响成年后的性功能。
性功能障碍可能跟性意识
有一位原发性性欲低下患者，幼时父母不和，经常吵吵闹闹，但是他们却连续生育了如指掌11个孩子。患者认为他的父母"简直像猪，过着没有感情的性生活"。从此，他一直在默默地压抑着父母"遗传"给他的"动物般的性欲"，对性生活一点儿兴趣也没有。还有一位性欲低下的女患者，幼年时随母亲去医院，从产房旁边经过时听到产妇的喊叫，母亲告诉她，生孩子是女人最痛苦的事。结婚后，她对性生活没有兴趣，每次同房即出现性交痛。
潜意识是个体不能知觉的精神生活，它由人的体能欲望和冲动所组成，具有强烈的心理能量的储荷。这种储荷总是力图渗透到意识中去，造成意识的兴奋、紧张。有位阳痿患者，20岁时性欲旺盛，有勃起和遗精现。然而在交了女朋友之后，这些现象却消失了。原来，他对母亲的感情非常深厚，十几岁时母亲在一次意外事故中去世，他伤心极了。其妻与母亲在举止谈吐上较相近，虽然他并未意识到之间有什么联系，但在潜意识中，患者找到了失去已久的母亲，恋母情结抑制了他的勃起功能和性欲，导致阳痿。
人的渴求和控制欲望要求之间的矛盾冲突常常会引起一种弥漫性的恐惧感，即心理学上的"焦虑"。焦虑可使人产生许多种心理防御机制，其中最重要的防御机制是压抑，它可使心理矛盾冲突几乎完全隐蔽起来，不让我们意识到它的存在。有位患者在家排行最末，一切依赖于母亲。婚后凡事均由妻子操办。在新婚蜜月时，他也曾有过性欲冲动，以后便出现淡漠，阳痿了。妻子督促他去求医，但他对此并不迫切，对有无性生活也无所谓。心理分析发现，在他的心中全然没有丈夫意识和男人意识。他的婚姻关系意识存在着某些别人所不具有的内涵：L今天的家庭是他幼年家庭的继续，他把过去对母亲的依恋移情于妻子。妻子对他来说并不是婚床上的性伴侣，而是依赖的对象，是不能"乱伦"的母亲。意识中固有的"乱伦恐惧"扼杀了他的性欲，扼杀了他早年的本能冲动。
心理防御机制变得突出时，可以主宰一个人的人格及其发展，损害他（她）的生理机能。这些心理矛盾的性质与强度取决于儿童期的教养情况和父母的态度。解决潜意识阻抗的方法是把压抑的情绪识别出来，引导到意识领域中去，从而达到消除压抑的目的。因此，性功能障碍久治不愈的患者应求治于性心理治疗门诊或大医院精神科及心理科，以便能及早解除难言之隐。
性功能障碍还跟这些因素有关
1、生物因素
性功能障碍可能由遗传、健康状况、激素水平、年龄、疾病（包括慢性病、神经精神系统疾患、内分泌疾病、生殖器官病变）等多种原因所引起。药物、长期大量酗酒或吸毒者，也会出现性功能障碍。
2、精神心理因素
精神心理因素对性功能的影响比较突出，包括错误的性观念、过去性经历的影响、环境因素、人际关系紧张和各种外界因素所造成的负性情绪等。
3、文化因素
由于宗教和文化背景的影响，某些人对性生活存在偏见（如认为“一滴精十滴血”），认为性交会损耗元气，主观上要放弃或减少性活动，容易造成性压抑。
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