HIV在病毒分类中属逆转录病毒科慢病毒属中的人类免疫缺陷病毒组。以下4个方面的原因使其基因有很高的变异性。
1.高错误率的逆转录酶，复制时不能及时切除错误引入的核苷酸，约每个复制循环中就会发生一个错误使病毒复制时发生随机变异。
2.病毒快速的复制，大约每天一个HIV感染者要产生并清除100亿个病毒颗粒。
3.宿主的免疫选择作用，在宿主免疫压力作用下，使能激发宿主细胞或体液免疫的基因组的变异高于其他部位，如gp120 V3环高变区。
4.不同病毒株DNA之间的基因重组。首都医科大学附属北京佑安医院性病艾滋病临床诊疗中心李群辉
HIV基因全长约9.8kb，含有gag、pol、env3个结构基因、2个调节基因（tat反式激活因子、rev毒粒蛋白表达调节子）和4个辅助基因（nef负调控因子、vpr病毒r蛋白、vpu病毒u蛋白和vif毒粒感染性因子）。
HIV是一种变异性很强的病毒，各基因的变异程度不同，env基因变异率最高。迄今为止全球流行的HIV根据血清学反应和病毒核酸序列测定可分为二型，HIV-1型和HIV-2型。在HIV-1和HIV-2二型之间,其核苷酸序列只有40-60%的同源性。在HIV-1型内，各亚型之间的基因离散率是20%~35%、同一亚型内的基因离散率是7%~20%。
目前全球流行的主要是HIV-1，根据编码包膜蛋白的env基因和编码壳蛋白的gag基因序列的同源性，HIV-1型又进一步分为3个组，M组（main即主要组）、O组（outline即外围组）和N组（new，or non-M，non-O新组或非M非O组），其中M组至今有A，B，C，D，E，F，G，H，I，J，K11个亚型。此外，近年来发现多个流行重组型。O组是1990年从喀麦隆和加蓬分离到的，与M组其他亚型的氨基酸序列只有50%的同源性。N组是最近才从两名喀麦隆病人分离到的，在系统树上，既不属于M组，也不属于O组的一组新病毒，故称N组。
HIV-2的生物学特性与HIV-1很相似，但其传染性较低，引起的艾滋病临床进展较慢，症状也较轻。HIV-2型至今至少有A，B，C，D，E，F,G7个亚型。
我国以HIV-1为主要流行株，目前已发现的有A、B（欧美B）、B’（泰国B）、C、D、E、F和G8个亚型,还有不同流行重组型。1999年以来在部分地区发现并证实我国有少数HIV-2型感染者。但至今尚未发现有O型及N型的报道。
尽早发现并鉴定HIV各种亚型，对于流行病学调查、及时做出诊断、研发新的诊断试剂、新药物研制以及疫苗的开发研究等均具有重要意义。
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