使用事后避孕药只能在偶然的意外情况下，并且它只对前一次房事有补救作用，对服药后的房事仍应采取其他可靠的避孕措施。紧急避孕药应在房事后72小时(最迟不超过120小时)内，按说明服用才有效，超过72小时服用者往往失败率较高。有报道，紧急避孕失败而妊娠者，新生儿畸形发生率会较高，应采用手术或药物的方法，终止妊娠。
其实，紧急避孕的避孕效果远不如常规避孕好，且不良反应也远比常规口服避孕药多。据报道，服用紧急避孕药有效率仅为80%～85%，而服用的剂量却比常规口服避孕药大十倍。经常服用紧急避孕药等于过量服药，对健康自然会造成损害。
由于避孕药成分一般都是雌、孕激素，如果频繁使用，容易造成体内激素水平紊乱，甚至会影响将来的生育。激素水平紊乱可导致诸如月经提早或推迟、月经紊乱、出血延长等症状，部分人还会产生如恶心、肠胃不适、头痛、乳房胀痛、体重微增、神经紧张、情绪低落、月经不来、皮肤易有褐斑和粉刺等不良反应。重复使用紧急避孕药，不良反应会更加明显。
对已经确定为妊娠的人，应严禁使用紧急避孕药。对肝、肾功能不好或凝血系统有问题的人，应尽量避免服用紧急避孕药。对于患脑血管病或冠心病、高血压病、糖尿病并有血管问题的女性，以及大于35岁，且抽烟、肠吸收不好的人也应慎重服用。同样，对可能怀孕或计划在近期怀孕的妇女，也应劝告她们不要服用紧急避孕药。
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