在同房时，有的男性射精时会出现阴茎、尿道、会阴、阴囊上方等处阵发性疼痛，这种疼痛称射精疼痛，大多为生殖器官的器质性病变所致，主要有以下几种原因。
一、性生活过频：过频的性生活，常会引起输精管、精囊及尿道器官产生无菌性炎症，致使这些器官充血水肿。射精时，由于平滑肌收缩，而刺激这些充血的器官，引起疼痛。
二、结石：男性尿道结石是常见疾病，当小的结石嵌在后尿道，尤其嵌在射精管的开品部位，射精时这些部位收缩和蠕动，挤压结石而产生疼痛。如前列腺或精囊有结石，射 精时这些部位收缩也会产生疼痛。
三、生殖器官炎症：男性下尿路感染是导致射精疼痛最常见的原因。患有膀胱炎、尿道炎、前列腺炎，射精时，这些器官的肌肉发生节律性收缩，对炎症病灶是一种机械刺激，以致引起剧烈疼痛。有的患者还会发生疼痛性遗精。
四、肿瘤：男性泌尿生殖器官的恶性肿瘤，大多会引起射精疼痛。如睾丸、附睾、前列腺等处发生肿瘤时，压迫或阻塞射精管道，射精时会发生疼痛。不过，其疼痛性质较为缓和，多是隐痛和酸痛。精囊，输精管等处发生肿瘤的机会虽然不多，但病变的进展多为隐匿性。因此，这种疼痛应引起重视。
五、其他疾病：患有阴茎硬结症的人，房事时阴茎勃起会疼痛，射精时加重。患尿道狭窄的人，精液排出不畅，尿道企图强行挤出精液，也会引起疼痛。此外，男性泌尿系结核，尿道息肉等亦会造成射精疼痛。
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